После убийства в 1905 году генерал-губернатора Москвы великого князя Сергея Александровича его вдова, великая княгиня Елизавета Федоровна, продала часть своих драгоценностей. На полученные средства она приобрела обширную купеческую усадьбу на Большой Ордынке с четырьмя домами и большим садом. На этой основе великая княгиня начала создавать Марфо-Мариинскую обитель милосердия. Она выбрала форму служения, близкую к монастырской жизни, но во многом от нее отличавшуюся.
Так, сестры обители принимали на себя ряд обетов, однако не постригались в монашество, они могли со временем выйти из обители и обзавестись семьей. В первую очередь члены общины должны были вести благотворительную деятельность, причем не только в стенах обители, но и за её пределами. Сестер можно было видеть в самых криминальных уголках Москвы, в том числе на знаменитой Хитровке – везде они оказывали медицинскую и духовную помощь, обходили ночлежки, порою сопровождали беспризорных детей в приюты. На официальном открытии обители в 1909 году сестер было всего шесть, но со временем их количество возросло до тридцати.
После революции и убийства в 1918 году великой княгини Елизаветы Федоровны в Алапаевске Марфо-Мариинская обитель просуществовала недолго. В 1920-х годах в Покровском соборе расположился дом санитарного просвещения, на смену которому пришли реставрационные мастерские. В больничном корпусе с церковью святых Марфы и Марии находилась амбулатория имени профессора Ф.А. Рейна.
Возрождение обители началось в 1990 году с открытия памятника великой княгине Елизавете Федоровне работы В.М. Клыкова во дворе обители. Полная передача всего комплекса новой общине происходила достаточно долго, богослужения были возобновлены не сразу (в храме святых Марфы и Марии в 1992 году, а в Покровском соборе – в 2008 году). Однако сегодня обитель живет новой жизнью и следует тому курсу, который был задан еще в дореволюционную эпоху.